建筑工程竣工决算审计的内容主要包括：竣工决算编制依据;项目建设及概算执行情况;交付使用财产和在建工程;转出投资、应核销投资及应核销其他支出;尾工工程;结余资金;基建收入;投资包干结余;竣工决算报表;投资效益评价等。
(1)竣工决算编制依据。审查决算编制工作有无专门组织，各项清理工作是否全面、彻底，编制依据是否符合国家有关规定，资料是否齐全，手续是否完备，对遗留问题处理是否合规。
(2)项目建设及概算执行情况。审查项目建设是否按批准的初步设计进行，各单位工程建设是否严格按批准的概算内容执行，有无概算外项目和提高建设标准、扩大建设规模的问题，有无重大质量事故和经济损失。
(3)交付使用财产和在建工程。审查交付使用财产是否真实、完整，是否符合交付条件，移交手续是否齐全、合规;成本核算是否正确，有无挤占成本、提高造价、转移投资的问题;核实在建工程投资完成额，查明未能全部建成，及时交付使用的原因。
(4)转出投资、应核销投资及应核销其他支出。审查其列支依据是否充分，手续是否完备，内容是否真实，核算是否合规，有无虚列投资的问题。
(5)尾工工程。根据修正总概算和工程形象进度，核实尾工工程的未完工程量，留足投资。防止将新增项目列作尾工项目、增加新的工程内容和自行消化投资包干结余。
(6)结余资金。核实结余资金，重点是库存物资，防止隐瞒、转移、挪用或压低库存物资单价，虚列往来欠款，隐匿结余资金的现象。查明器材积压、债权债务未能及时清理的原因，揭示建设管理中存在的问题。
(7)基建收入。基建收入的核算是否真实、完整，有无隐瞒、转移收入的问题。是否按国家规定计算分成，足额上交或归还贷款。留成是否按规定交纳“两金”(能源交通重点建设基金和国家预算调节基金)及分配和使用。
(8)投资包干结余。根据项目总承包合同核实包干指标，落实包干结余，防止将未完工程的投资作为包干结余参与分配;审查包干结余分配是否合规。
(9)竣工决算报表。审查报表的真实性、完整性、合规性。
(10)投资效益评价。从物资使用、工期、工程质量、新增生产能力、预测投资回收期等方面全面评价投资效益。
(11)其他专项审计，可视项目特点确定。
