关于系统分析的概念，至今还没有一个比较完整和严谨的科学定义。一般认为，系统分析就是对一个系统内的基本问题，用系统观点思维推理，在确定和不确定的条件下，探索可能采取的方案，通过分析对比，为达到预期目标选出优方案的一种辅助决策的方法。也可以说，系统分析就是为决策者选择一个行动的方向，通过对情况的全面分析，对可能采取的方案进行选优，为决策者提供可靠的依据。但是，系统分析人员应当尽量避免自己成为决策者，也不应代替决策者进行决策。
在复杂的客观世界中，几乎任何事物都与其他事物相互联系着，而系统的思维推理方法就是把所要研究的对象理解为一个从周围环境中划分出来的整体。这个整体包括许多从属的分系统，这些从属的分系统是相互作用的，同时在整体中也受到其他从属分系统的制约。这个整体的作用只有在弄清楚所有分系统的相互作用时才能被理解清楚。当然，怎样来划分所要考虑的系统的边界，有时是不太容易做到的，但是我们仍然要确定出它的边界范围，来鉴定它的要家和组成部分。要在边界范围内进行分析，但不能对系统内影响整体的所有问题都进行分析和解决，而只是对这个整体起重要作用的基本要素进行分析，找出主要矛盾，解决主要矛盾。系统外部的影响也要注意，哪些外部因素在控制范围以内，这些因素变化所导致结果都应调查清楚。
例如，分析和研究企业经营管理系统，可以从经营、生产、销售等各个角度来确定边界范围。在经营的边界范围中包括:经营观念、经营决策、经营方针、经营方法、经营组织等基本要素，在生产的边界范围中包括:生产观念、生产方式、质量观念等基本要素，在销售边界范围中包括:销售方法、销售组织等基本要素。通过边界的确定，对经营管理的过去情况和当前出现的新课题进行分析，以谋求经营管理的优决策。
在系统分析时要运用逻辑推理。特别是探求系统分析的目标时.分析人员要追求一系列的“为什么”，直到问题取得圆满的答复为止。
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